Στις 6 Ιανουαρίου 1828 ο πρώτος Κυβερνήτης της Ελλάδας Ιωάννης Καποδίστριας, σύμφωνα με την απόφαση της Γ΄ Εθνοσυνέλευσης της Τροιζήνας (1827), συνοδευόμενος από τα πλοία των Τριών Δυνάμεων (Αγγλίας, Γαλλίας, Ρωσίας) επιβαίνων στο αγγλικό warspite κατέπλευσε στο Ναύπλιο. Σαν σήμερα πριν από 191 χρόνια, την 7η Ιανουαρίου τα τρία συνοδεύοντα πλοία τον Κυβερνήτη ύψωσαν την Ελληνική σημαία και την εχαιρέτησαν με κανονιοβολισμούς, ως έμπρακτη αναγνώριση της Ελληνικής Ανεξαρτησίας, ενώ κανονιοβολισμούς ανταπέδωσαν τα φρούρια του Ναυπλίου, με τις επευφημίες και τις ζητωκραυγές των κατοίκων της πόλης, που είχαν συγκεντρωθεί στο λιμάνι.
Την επομένη 8 Ιανουαρίου, ο Κυβερνήτης αποβιβάσθηκε στο Ναύπλιο, όπου ο λαός τον υποδέχθηκε με επευφημίες ως σωτήρα και λυτρωτή, και προπορευομένου του Αρχιερέως και του κλήρου, κατευθύνθηκε στη μητρόπολη του Αγίου Γεωργίου όπου εψάλη δοξολογία. Δύο ημέρες αργότερα μετέβη στην Αίγινα, η οποία είχε κριθεί καταλληλοτέρα από το Ναύπλιο ως προσωρινή έδρα της Κυβέρνησης, πριν επιστρέψει και πάλι στο Ναύπλιο.
Η πρώτη επαφή του με την ηπειρωτική Ελλάδα υπήρξε αποκαρδιωτική, λόγω της κατάστασης που επικρατούσε στο πολιτικό σκηνικό. Οι αντιπαλότητες που είχαν προκύψει μεταξύ των φατριών κατά τη διάρκεια της επανάστασης δεν είχαν κοπάσει, ενώ η χώρα είχε καταστραφεί και η οικονομία της τελούσε υπό πτώχευση.
Ο Καποδίστριας εκλήθη να κυβερνήσει με βάση το Δημοκρατικό Σύνταγμα της Τροιζήνας, αλλά ως οπαδός της πεφωτισμένης δεσποτείας πίστευε ότι τα Συντάγματα και τα Κοινοβουλευτικά Σώματα ήσαν πρόωρα για το ασύστατο ακόμα κράτος. Πρέσβευε εις την αρχή του ενός ανδρός, έστω και υπό προθεσμία. Στις 18 Ιανουαρίου 1828 πέτυχε ψήφισμα της Βουλής περί αναστολής του Συντάγματος. Έτσι, κατέστη η μοναδική πηγή εξουσίας, συνεπικουρούμενος από το Πανελλήνιον, ένα συμβουλευτικό σώμα αποτελούμενο από 27 μέλη. Στη σύγκληση μιας νέας Εθνοσυνέλευσης στο άμεσο μέλλον παραπεμπόταν η ψήφιση του νέου Συντάγματος. Ο Καποδίστριας εγκαινίασε την περίοδο της απολυταρχίας, η οποία διατηρήθηκε μέχρι το Σύνταγμα του 1843.
Ο νέος Κυβερνήτης έθεσε ως στόχο να βάλει τέλος στις εμφύλιες διαμάχες και επιδόθηκε αμέσως στο έργο της δημιουργίας Κράτους εκ του μηδενός, επιδεικνύοντας αξιοζήλευτη δραστηριότητα. Ίδρυσε την Εθνική Χρηματιστική Τράπεζα με τη βοήθεια του φίλου του ελβετού τραπεζίτη Εϋνάρδου, η οποία δεν ευδοκίμησε για πολύ. Ρύθμισε το νομισματικό σύστημα, καθότι ακόμη κυκλοφορούσαν τουρκικά και ξένα νομίσματα εντός της επικράτειας. Στις 28 Ιουλίου 1828 καθιέρωσε ως εθνική νομισματική μονάδα τον Φοίνικα και ίδρυσε Εθνικό Νομισματοκοπείο. Στις 24 Σεπτεμβρίου του ίδιου χρόνου οργάνωσε και την πρώτη ταχυδρομική υπηρεσία.
Ερχόμενος στο Ναύπλιο, ο Καποδίστριας βρήκε την Ελλάδα χωρίς δικαστική οργάνωση. Γνωρίζοντας ότι η απονομή της δικαιοσύνης αποτελεί θεμέλιο για τη δημιουργία μιας ευνομούμενης πολιτείας, ενδιαφέρθηκε προσωπικά για τη δημιουργία δικαστηρίων και τη στελέχωσή τους με το κατάλληλο προσωπικό. Οργάνωσε, ακόμη, τη διοίκηση του κράτους και ίδρυσε Στατιστική Υπηρεσία, η οποία διενήργησε την πρώτη απογραφή.
Αναδιοργάνωσε τις ένοπλες δυνάμεις υπό ενιαία διοίκηση, πετυχαίνοντας αφενός να καταπολεμήσει το κατεστημένο των οπλαρχηγών και αφετέρου να παρεμποδίσει την Οθωμανική προέλαση, όπως έδειξε η Μάχη της Πέτρας, όπου ο ελληνικός στρατός εμφανίσθηκε πειθαρχημένος και συγκροτημένος στην τελευταία μάχη του Αγώνα. Ο Καποδίστριας αντιμετώπισε επιτυχώς την πειρατεία, αναθέτοντας στον ναύαρχο Μιαούλη την καταστολή της. Εφάρμοσε την πρακτική της απομόνωσης (καραντίνας) των κοινοτήτων που πλήττονταν από τις επιδημίες του τύφου, της ελονοσίας και άλλων μολυσματικών ασθενειών. Προσπάθησε να ανοικοδομήσει το κατεστραμμένο εκπαιδευτικό σύστημα της Ελλάδας, ιδρύοντας πολλά αλληλοδιδακτικά σχολεία, καθώς και το Ορφανοτροφείο της Αίγινας.
Στις 5:35 το πρωί της 27ης Σεπτεμβρίου 1831 ο Ιωάννης Καποδίστριας δέχθηκε δολοφονική επίθεση από τον Κωνσταντίνο και τον Γεώργιο Μαυρομιχάλη έξω από την εκκλησία του Αγίου Σπυρίδωνα, όπου μετέβαινε για να εκκλησιασθεί και έπεσε νεκρός. Ο μόνος που τον συνόδευε ήταν ο μονόχειρας σωματοφύλακάς του, ονόματι Κοκκώνης.
Ο Κωνσταντίνος Μαυρομιχάλης εφονεύθη επί τόπου από τους προστρέξαντες, οι οποίοι κυριολεκτικώς τον λυντσάρισαν. Ο Γεώργιος Μαυρομιχάλης ζήτησε προστασία στη Γαλλική Πρεσβεία. Κατόπιν επιμόνου απαιτήσεως του συγκεντρωμένου πλήθους, που απείλησε ότι θα κάψει την πρεσβεία, ο αντιπρεσβευτής βαρόνος Ρουάν τον παρέδωσε στις αρχές. Ο Γεώργιος Μαυρομιχάλης καταδικάσθηκε σε θάνατο από στρατοδικείο και εθανατώθη δια τυφεκισμού το πρωί της 10ης Οκτωβρίου 1831.
