Ο αρχαιολογικός χώρος των Νιχωρίων βρίσκεται στο πλάτωμα απόκρημνου λόφου 2 χλμ. περίπου Βορειοδυτικά του Μεσσηνιακού κόλπου στη συμβολή των οδών Πύλου-Καλαμάτας και Ριζόμυλου-Κορώνης.
Στο σχηματιζόμενο υψίπεδο, μήκους 500μ. και πλάτους 100μ., έχουν εντοπισθεί ίχνη κατοίκησης ήδη από τους Νεολιθικούς και Πρωτοελλαδικούς χρόνους, ενώ η συστηματική οργάνωση του οικισμού επιτεύχθηκε στις αρχές των ΜΕ χρόνων και συνεχίστηκε αδιάσπαστα μέχρι το τέλος σχεδόν της μυκηναϊκής εποχής (τέλη 13ου αι. π.Χ.), οπότε καταστράφηκε η θέση από άγνωστη αιτία. Μετά από έναν αιώνα περίπου εγκατάλειψης της περιοχής η ακρόπολη των Νιχωρίων κατοικήθηκε πάλι στα τέλη του 12ου αι. π. Χ. για μικρό χρονικό διάστημα και συνέχεια στην Πρωτογεωμετρική και γεωμετρική εποχή, ενώ η κατοίκηση στο λόφο συνεχίστηκε περιοδικά και μεμονωμένα στην Αρχαϊκή, την Κλασική, την Ελληνιστική και στη συνέχεια στη Βυζαντινή εποχή. Κατά τους πρώιμους μυκηναϊκούς χρόνους ο οικισμός των Νιχωρίων αποτελούσε το κέντρο μιας αναδυόμενης πολιτικής και κοινωνικής οντότητας, όπως άλλωστε υποδηλώνει η παρουσία των θολωτών τάφων, οι οποίοι διέσωσαν πλούσια κτερισμένες ταφές του τέλους της Μεσοελλαδικής και των αρχών της μυκηναϊκής περιόδου. Ο θολωτός τάφος σε περίοπτη θέση στην ΒΔ άκρη της ακρόπολης των Νιχωρίων των Νιχωρίων είναι από τους μεγαλύτερους και πλουσιότερους σε ευρήματα μυκηναϊκούς τάφους της Μεσσηνίας με χρήση κατά τη διάρκεια της ακμής του οικισμού των Νιχωρίων (1400π.Χ.-1200π.Χ.). Η εξέχουσα κοινωνική θέση των ατόμων που είχαν ενταφιασθεί σε αυτόν, μαρτυρείται και από τις πλούσιες προσφορές (κτερίσματα), που συνόδευαν τους νεκρούς: πήλινα αγγεία, σφραγιδόλιθοι από ημιπολύτιμους λίθους και μικροαντικείμενα από χρυσό, ελεφαντόδοντο και φαγεντιανή. Βρέθηκαν όμως και ίχνη μεταγενέστερης χρήσης του κατά την κλασική περίοδο, που συνδέονται με τη λατρεία προγόνων, πρακτική που συνηθιζόταν τόσο στη Μεσσηνία όσο και στην υπόλοιπη Ελλάδα.
Κατά την ύστερη μυκηναϊκή περίοδο ο οικισμός γνώρισε μεγάλη οικιστική, οικονομική και εμπορική ανάπτυξη, η οποία συνέπεσε με την αντίστοιχη του Ανακτόρου του Εγκλιανού. Τα Νιχώρια υπήρξαν κέντρο μεταλλουργίας και σημαντική πηγή λιναριού απαραίτητο για την κατασκευή λινών υφασμάτων του Ανακτόρου, ενώ λόγω της σημαντικής στρατηγικής τους θέσης χρησιμοποιήθηκαν ως φυλάκιο-παρατηρητήριο των ακτών.
Ο Πρωτογεωμετρικός οικισμός των Νιχωρίων, ο οποίος διαδέχθηκε τον μυκηναϊκό, αποτελεί τον μοναδικό συστηματικά εξερευνημένο χώρο της εποχής σε όλη τη Μεσσηνία και ταυτόχρονα αποτελεί πηγή γνώσης για την εξέλιξη της οικιστικής αρχιτεκτονική της περιόδου. Παράλληλα τα ποικιλόμορφα νεκροταφεία της πρωτογεωμετρικής και γεωμετρικής περιόδου καθώς και τα κτερίσματα που συνοδεύουν τις ταφές παρέχουν πολύτιμες πληροφορίες για την πολιτισμική συνέχεια του χώρου και διαφωτίζουν τους χρόνους που ακολουθούν την κατάρρευση του Ανακτόρου του Νέστορος.
